上海國家會計學院于2000年9月正式組建，是財政部直屬事業單位，實行黨委領導下的院長負責制。學院董事會主席由財政部部長擔任。 學院也是中國政府為促進區域能力建設而創設的亞太財經與發展學院（AFDI）所在地，擁有國際一流的教學設施和住宿生活條件。
自2004年起，學院成為國內首批開展會計碩士專業學位教育工作的單位。2011年3月，國務院學位委員會授予上海國家會計學院專業碩士學位授予權（單位代碼80402），自此，學院開始獨立開展會計碩士專業學位MPAcc（代碼為125300）、審計碩士專業學位MAud（代碼為025700）人才培養工作。2014年5月、2018年3月，學院分別獲批稅務、金融碩士專業學位授權點，開始開展稅務碩士專業學位MT（代碼為025300）、金融碩士專業學位MF（代碼為025100）人才培養工作。2017年9月，學院與上海財經大學啟動合作培養會計學博士研究生項目。經全國會計專業學位研究生教育指導委員會認證，學院于2015年和2020年兩度通過會計碩士專業學位教育質量認證（Accreditation for Accounting Professional Education Quality，簡稱AAPEQ），獲評A級成員單位。
上海國家會計學院2023年會計專碩MPAcc復試分數線：230/120/60
全日制
分數線：230/120/60
學費：6.8萬
學制： 2年
非全日制
分數線：197/102/51
學費：12.8萬
學制： 2.5年
